Nato a Roma nel 1959, dopo la laurea in Economia e commercio presso l'Università degli Studi di Roma, Taffuri ha cominciato la carriera diplomatica nel 1992, iniziando il proprio percorso professionale alla Farnesina presso il Centro Cifra e Telecomunicazioni e successivamente presso la Direzione Generale per l'Emigrazione e gli Affari Sociali. Nel 1995 è inviato a Maputo, dove svolge le funzioni di Segretario commerciale fino al 1999, anno in cui si trasferisce presso l'Ambasciata a Belgrado in qualità di Primo segretario. Nello stesso anno è in Kossovo a capo dell'ufficio italiano di Pristina. Rientrato al Ministero nel 2002, è assegnato in un primo momento all'Unità di Coordinamento della Segreteria Generale e in seguito all'Unità di Crisi. Nel 2004 è chiamato a dirigere la Segreteria della Direzione Generale per i Paesi dell'Europa.
Nel 2007 è a Ginevra, dove ricopre le funzioni di Consigliere commerciale alla Rappresentanza permanente d'Italia presso le Organizzazioni Internazionali e Vice Rappresentante Permanente presso l'Organizzazione Mondiale del Commercio. Nel 2011 è in missione ad Herat a capo della Componente Civile del Provincial Reconstruction Team e come NATO Senior Civilian Representative per il Regional Command-West. Nuovamente a Roma nel 2012, è stato nominato Capo dell'Unità di Crisi della Farnesina.